Base de Dados do Herbário IAN da Embrapa Amazônia Oriental

 

Embed or link this publication

Description

O Herbário IAN da Embrapa Amazônia Oriental armazena milhares de dados acerca da biodiversidade vegetal, com destaque para a flora amazônica. Assim, este trabalho descreve o ambiente de armazenamento da base de dados do Herbário IAN

Popular Pages


p. 1

ISSN 1983-0513 Maio, 2013 392 Base de Dados do Herbário IAN da Embrapa Amazônia Oriental

[close]

p. 2

ISSN 1983-0513 Maio, 2013 Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária Embrapa Amazônia Oriental Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento Documentos 392 Base de Dados do Herbário IAN da Embrapa Amazônia Oriental Helena Joseane Raiol de Souza Regina Célia Viana Martins-da-Silva Denis Leonard Filer Sebastião Ribeiro Xavier Junior Ana Mirtes Maciel Fouro Embrapa Amazônia Oriental Belém, PA 2013

[close]

p. 3

Exemplares desta publicação podem ser adquiridos na: Embrapa Amazônia Oriental Tv. Dr. Enéas Pinheiro, s/n. Caixa Postal 48. CEP 66095-100 - Belém, PA. Fone: (91) 3204-1000 Fax: (91) 3276-9845 www.cpatu.embrapa.br cpatu.sac@embrapa.br Comitê Local de Publicação Presidente: Michell Olivio Xavier da Costa Secretário-Executivo: Moacyr B. Dias-Filho Membros: Orlando dos Santos Watrin Márcia Mascarenhas Grise José Edmar Urano de Carvalho Regina Alves Rodrigues Rosana Cavalcante de Oliveira Revisão técnica: Milton Kanashiro – Embrapa Amazônia Oriental Ely Simone Cajueiro Gurgel – Museu Paraense Emilio Goeldi João Ubiratan Moreira dos Santos – Museu Paraense Emilio Goeldi Nazaré Lima do Carmo – Museu Paraense Emilio Goeldi Supervisão editorial e revisão de texto: Narjara de Fátima G. da S. Pastana Normalização bibliográfica: Andréa Liliane Pereira da Silva Tratamento de ilustrações: Vitor Trindade Lôbo Editoração eletrônica: Euclides Pereira dos Santos Filho Foto da capa: Captura de tela 1ª edição Versão eletrônica (2013) Todos os direitos reservados A reprodução não autorizada desta publicação, no todo ou em parte, constitui violação dos direitos autorais (Lei no 9.610). Dados Internacionais de Catalogação na Publicação (CIP) Embrapa Amazônia Oriental Base de dados do Herbário IAN da Embrapa Amazônia Oriental / Helena Joseana Raiol de Souza... [et al.]. – Belém, PA : Embrapa Amazônia Oriental, 2013. 43 p. : il. ; 15 cm x 21 cm. – (Documentos / Embrapa Amazônia Oriental, ISSN 1983-0513; 392). 1. Herbário – Amazônia – Brasil. 2. Base de dados. 3. Embrapa Amazônia Oriental. I. Souza, Helena Joseana Raiol de. II. Série. CDD 21. ed. 580.7428115 © Embrapa 2013

[close]

p. 4

Autores Helena Joseane Raiol de Souza Química, especialista em Oleoquímica, analista B da Embrapa Amazônia Oriental, Belém, PA. helena.souza@embrapa.br Regina Célia Viana Martins-da-Silva Bióloga, doutora em Ciências Biológicas (Botânica), pesquisadora A da Embrapa Amazônia Oriental, Belém, PA. regina.silva@embrapa.br Denis Leonard Filer Biólogo, Universidade de Oxford, Oxford, Inglaterra. denis.filer@plants.ox.ac.uk Sebastião Ribeiro Xavier Junior Biólogo, especialista em Perícia e Avaliação de Impactos Ambientais, analista B da Embrapa Amazônia Oriental, Belém, PA. sebastiao.xavier@embrapa.br

[close]

p. 5

Ana Mirtes Maciel Fouro Analista de sistemas, mestre em Engenharia de Sistemas e Computação, analista A da Embrapa Amazônia Oriental, Belém, PA. ana-mirtes.fouro@embrapa.br

[close]

p. 6

Apresentação A Amazônia é o maior conjunto de florestas tropicais do planeta, abrigando uma biodiversidade única e indescritível de flora e fauna. Mais da metade deste território concentra-se no Brasil, tornando importantíssima a missão do País no que se refere a conhecimento, preservação e gerenciamento de informações de dados de coletas. As coleções de plantas são de inestimável importância para todo e qualquer trabalho de pesquisa relacionado a diversidade, estrutura, classificação e distribuição dos organismos vegetais. Nesse contexto, os herbários apresentam um papel de destaque, pois são depositários de parte dos testemunhos dessa riqueza e desempenham um inquestionável, único e crítico esforço global para a diminuição da perda da biodiversidade vegetal. O Herbário IAN da Embrapa Amazônia Oriental armazena milhares de dados acerca da biodiversidade vegetal, com destaque para a flora amazônica. Assim, este trabalho tem por objetivo descrever o ambiente de armazenamento da base de dados do Herbário IAN, bem como seu

[close]

p. 7

gerenciamento, aplicações e ferramentas, com o objetivo de subsidiar pesquisas em várias áreas do conhecimento, tornando, dessa forma, o acesso à informação mais rápido, eficiente e seguro. Austrelino Silveira Filho Chefe-Geral da Embrapa Amazônia Oriental

[close]

p. 8

Sumário Base de Dados do Herbário IAN da Embrapa Amazônia Oriental ..............................................................................................9 Introdução Histórico .........................................................................................9 ..........................................................................................10 .............................................13 Características da base de dados Segurança das informações Disponibilização na web Considerações finais Desenvolvimento ............................................................................13 .......................................................34 Usuários............................................................................................36 ..............................................................36 ....................................................................42 Referências ......................................................................................43

[close]

p. 9



[close]

p. 10

Base de Dados do Herbário IAN da Embrapa Amazônia Oriental Helena Joseane Raiol de Souza Regina Célia Viana Martins-da-Silva Denis Leonard Filer Sebastião Ribeiro Xavier Junior Ana Mirtes Maciel Fouro Introdução O Herbário da Embrapa Amazônia Oriental foi criado em 1945 pelos botânicos João Murça Pires e William Archer, quando essa Unidade de pesquisa se denominava Instituto Agronômico do Norte, sendo indexado sob a sigla IAN no Index Herbariorum (INDEX..., 1997). Desde 2004, está credenciado junto ao Conselho de Gestão do Patrimônio Genético/Ministério do Meio Ambiente (CGEN/MMA) como fiel depositário. Sua principal missão é gerar conhecimento e contribuir para o manejo e conservação da flora amazônica. O acervo científico do Herbário IAN constitui uma valiosa fonte de pesquisa científica, documentação e informação sobre a Amazônia, composto por 191 mil exsicatas, abrigando ainda uma xiloteca com 8 mil amostras de madeira, uma carpoteca com 700 frutos desidratados e 289 em meio líquido, uma fototeca com cerca de 30 mil fotografias de tipos e uma coleção de tipos nomenclaturais com aproximadamente 2 mil amostras, devidamente acompanhadas da cópia de sua respectiva obra prínceps (publicação contendo a primeira descrição de um táxon). Coleções menores, mas não menos importantes, fazem parte desse patrimônio científico, como flores em meio líquido (321 amostras), sementes desidratadas (191), plântulas em meio líquido (54) e desidratadas (65). Vários botânicos, como Adolpho Ducke, George Black, Humberto

[close]

p. 11

10 Base de Dados do Herbário IAN da Embrapa Amazônia Oriental Marinho Koury, Normélia Vasconcelos, Paulo Cavalcante, Paul Ledoux, Ricardo Fróes, dentre outros, prestaram inestimável colaboração a esse herbário. Considerando a importância histórica e científica dessas coleções e a dificuldade para gerenciar os espécimes e acessar os dados, objetivou-se a elaboração de uma base de dados que pudesse otimizar a organização do seu acervo e as informações desse herbário, visando melhorias no gerenciamento, intercâmbio, conservação, atualização da identificação e busca de informações. Nesse contexto, o objetivo principal foi tornar esses dados disponíveis para a comunidade científica e a sociedade em geral. Dessa forma, o presente trabalho trata da criação da base de dados do Herbário IAN da Embrapa Amazônia Oriental, abordando histórico, desenvolvimento, apoio, software, hardware, segurança das informações, entrada de dados, produtos, usuários, intercâmbio científico, atualização da identificação e disponibilização na web. Histórico A primeira tentativa para informatizar o Herbário IAN ocorreu em meados da década de 1970, no âmbito do Projeto Flora do CNPq, no qual a Embrapa Amazônia Oriental (àquela época essa Unidade era designada por CPATU – Centro de Pesquisa Agropecuária do Trópico Úmido) e o Museu Paraense Emílio Goeldi (MPEG) integravam o Projeto Flora Norte. Entretanto, a redução do aporte de recursos do CNPq ao Programa Flora e a falta de uma política clara do programa levaram à sua extinção e a informatização do herbário não teve continuidade. No início da década de 1990, a instituição investiu em uma segunda tentativa de informatização, dessa vez usando o software Sisfito, que foi desenvolvido em parceria com a Orstom (Institut Francais de Recherche Scientifique pour le Développement en Coopération). Porém, não foi possível dar continuidade ao desenvolvimento do software, pois

[close]

p. 12

Base de Dados do Herbário IAN da Embrapa Amazônia Oriental 11 ele não estava finalizado e a informatização não teve prosseguimento, em virtude do encerramento da parceria e da ausência de técnicos capacitados por parte da Embrapa. Em 1996, a equipe do herbário iniciou a terceira tentativa de informatização do acervo, utilizando o sistema Brahms (Botanical Research and Herbarium Management System), desenvolvido pela Universidade de Oxford. O chefe-geral da Unidade, Dr. Dilson Frazão, conheceu o programa numa visita à Inglaterra. Quando voltou ao Brasil, discutiu com a equipe do herbário sobre o referido sistema. Pouco tempo depois, Denis Filer, coordenador do Brahms, com apoio do Projeto Silvicultura Tropical (Convênio Embrapa Amazônia Oriental/ODA), veio ao herbário para uma visita técnica, durante a qual demonstrou e instalou o sistema Brahms, treinando a equipe. A possibilidade de solicitar à coordenação do Brahms o desenvolvimento de ferramentas que atendessem às demandas do herbário foi decisiva na opção por esse sistema. O trabalho foi iniciado com a entrada de dados da coleção de tipos nomenclaturais e das famílias Lecythidaceae, Meliaceae e Vochysiaceae. Após os treinamentos recebidos periodicamente pelo coordenador do sistema, a equipe do Herbário IAN ficou apta a transmitir os conhecimentos adquiridos e, desde então, já capacitou técnicos, estudantes e pesquisadores de muitas instituições, como MG (Herbário do Museu Paraense Emílio Goeldi), Hamab (Herbário do Estado do Amapá), R (Herbário do Museu Nacional do Rio de Janeiro), Inpa (Herbário do Instituo Nacional de Pesquisas da Amazônia), MFS (Herbário Marlene Freitas da Silva), Inia (Instituto Nacional de Innovación Agraria), Ufra (Universidade Federal Rural da Amazônia) e escolas técnicas. Todo o esforço feito por parte da equipe do herbário em capacitar pessoal no sistema Brahms é para que, junto com os demais herbários da Amazônia, seja possível estabelecer uma base de dados sobre a flora da região.

[close]

p. 13

12 Base de Dados do Herbário IAN da Embrapa Amazônia Oriental Entre 1996 e 1997, foram digitados os dados de 4.421 exsicatas. Em 1998, a equipe do Herbário IAN em parceria com o Herbário MG apresentou à Superintendência de Desenvolvimento da Amazônia (Sudam) o Projeto “Levantamento da diversidade vegetal da Amazônia, por meio da informatização dos herbários MG e IAN”, que foi aprovado e permitiu que a informatização avançasse bastante (SECCO et al., 2003). No período de 1998 a 1999, foram digitadas as informações disponíveis de aproximadamente 65 mil exsicatas da coleção do herbário, graças aos equipamentos adquiridos e pessoal contratados via esse projeto. As informações digitadas eram armazenadas em um computador exclusivo, a fim de garantir sua segurança. A partir de 2000, a informatização passou a contar com apoio do Projeto Dendrogene (convênio Embrapa/DFID), por meio de consultorias de Denis Filer, durante as quais eram apresentadas novas ferramentas do sistema, realizados treinamentos e discutidos problemas surgidos durante a digitação, importação ou elaboração de relatórios. Em 2000, o Projeto “Prosseguimento da diversidade vegetal da Amazônia”, por meio da informatização dos herbários MG e IAN, foi apresentado à Sudam e recebeu apoio do Acordo Sudam/PNUD, por meio do projeto BRA/96/025. Com esse apoio, no período de 2001 a 2003, foram digitados os dados de cerca de 100 mil exsicatas, concluindo-se dessa forma a informatização do acervo. Em 2002, com apoio do Dr. Mike Hopkins, iniciou-se um grande esforço para correção dos dados, por meio de imagens obtidas das exsicatas e suas respectivas etiquetas. Esse trabalho contou com apoio do Acordo Sudam/PNUD e do Programa de Pesquisa em Biodiversidade (PPBio – Amazônia). O trabalho de informatização do herbário seguiu de forma mais lenta durante o período entre 2003 e 2007 por falta de recursos financeiros.

[close]

p. 14

Base de Dados do Herbário IAN da Embrapa Amazônia Oriental 13 Atualmente, a base de dados do Herbário IAN recebe o apoio dos projetos Natdata (Plataforma de Recursos Naturais dos Biomas Brasileiros: Integração, Sistematização e Disseminação de Dados e Informações para Sustentabilidade e Competitividade da Agricultura – Macroprograma Embrapa 02.10.04.002.00.00), Reflora (Integração, qualificação e disponibilização dos dados relacionados com coletas botânicas na Amazônia Brasileira – MCT/CNPq/FNDCT/MEC/Capes/ FAP’s Nº 56/2010 – Reflora Amazônia) e Aprimoramento do Sistema de Informação das Coleções Biológicas da Embrapa Amazônia Oriental (Concurso n° 003/2012 – Funape/UFG/MCTI). O trabalho encontra-se em fase de “limpeza” e correção das informações e imagens. Esse processo é bastante minucioso, pois há necessidade de conferir a qualidade de cada imagem, verificar se elas estão ligadas aos respectivos exemplares e se os dados foram digitados corretamente. “Limpezas” e correções automáticas também vêm sendo realizadas por meio do uso de ferramentas específicas do sistema que permitem alterações diretamente nas bibliotecas de nomes de coletores, autores, determinadores, táxons e localização geográfica. Características da base de dados A base de dados do Herbário IAN foi criada utilizando-se o sistema Brahms versão 4.0, é composta pelas informações e imagens das exsicatas e de suas respectivas etiquetas, disponíveis nas 189 mil amostras depositadas no acervo. As informações ocupam 2 GB de espaço, enquanto as imagens (aproximadamente 400 mil), cerca de 350 GB. Desenvolvimento É importante mencionar que a Embrapa Amazônia Oriental recebeu apoio técnico da Universidade de Oxford, por intermédio do coordenador do Brahms, nas principais fases de elaboração da base de dados, por meio de consultorias presenciais e orientações virtuais. Durante as visitas do coordenador, foram instaladas novas versões, ministrados treinamentos e discutida a base de dados, o sistema e

[close]

p. 15

14 Base de Dados do Herbário IAN da Embrapa Amazônia Oriental suas ferramentas. Após as visitas, os problemas que surgiam eram solucionados por meio de orientações via internet. O apoio da referida universidade foi extremamente importante para o desenvolvimento do trabalho, uma vez que, quando se apresentavam demandas, estas eram prontamente atendidas. Inicialmente, usando o modelo de arquivo para entrada rápida de dados (RDE) do Brahms, adaptou-se o arquivo que seria utilizado no herbário, contendo campos que pudessem contemplar todos os dados disponíveis nos exemplares do acervo. Entretanto, à medida que se detectava informações não contempladas pelos campos padronizados, o sistema permitia que o arquivo fosse modificado para incluir novos campos. Para a instalação e segurança da base de dados, foi adquirido um computador exclusivo, com acesso restrito, no qual foram gravadas as cópias de todos os arquivos produzidos pelos digitadores e os dados importados para o módulo principal do sistema. Posteriormente, os dados também foram salvos em CDs, depois substituídos por DVDs e, mais recentemente por HDs externos. Em 2000, esses dados passaram também a ser guardados no Setor de Informática da Embrapa Amazônia Oriental. A partir de 2002, iniciou-se a correção de dados, realizada prioritariamente a partir de fotografias digitais das exsicatas e suas etiquetas. As fotos foram obtidas com máquina fotográfica semiprofissional, renomeadas e salvas com o número de registro da respectiva exsicata seguindo o padrão adotado pelo Herbário (ex. IAN_123456); para as fotos da etiqueta principal, acrescentou-se a letra e após o registro (ex. IAN_123456_e); na existência de etiqueta adicional (determinação, rascunho de dados de coleta), a sua imagem foi salva acrescentando-se o número 1 após a letra e (ex. IAN_123456_ e1), e assim sucessivamente. Após sua renomeação, as imagens foram ligadas aos respectivos registros na base de dados, de maneira que, quando a informação é solicitada, a imagem também pode ser observada.

[close]

Comments

no comments yet