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alistair amaladasse elève de 3 ème collège saint andré 5 place de l ancien marché 94130 nogent sur marne tél 01.48.73.19.63 turner rapport de stage en entreprise du 12 au 16 décembre 201 2011 institut cochin 22 rue méchain 75014 paris tél 01.40.51.64.57 fax 01.40.51.64.73

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sommaire introduction 1 fiche d identité 2-3 histoire 3 jour 1_12/12/2011 4-8 1 service laverie et préparation des milieux et des tampons 4-5 2 gestion des ressources humaine 6 3 dans le département scientifique biologie cellulaire et interactions hôtes pathogène 7-8 jour 2_13/12/2011 9-10 1 dans le département plate-forme technique protéomique plateau e2d 9-10 jour 3_14/12/2011 11-12 1 dans le département scientifique endocrinologie métabolisme et cancer 11-12 jour 4_15/12/2011 13-14 1 gestion dans le bâtiment gustave roussy au troisième étage 13 2 service d hygiène et sécurité 14 jour 5_16/12/2011 15-16 1 département scientifique biologie cellulaire et interactions hôtes pathogènes 15-16 conclusion 17

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introduction le but de mon stage a été de me faire découvrir le monde du travail j ai choisis ce stage dans des équipes de recherches et de gestion car mon projet futur est de travailler dans la médecine en rapport avec la biologie ou même faire de la direction j ai connu l institut cochin grâce à mon oncle qui y travaille qui m a parlé de certaines équipes de recherches et de gestions c est ce qui m a poussé à faire une demande de stage à cet institut qui a accepté ma demande ce rapport après une présentation de l entreprise en première partie développera les différentes tâches que les personnes de chaque service ont à faire puis les détails sur ce métier et les activités du stagiaire 1

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l institut cochin fiche d identité l institut cochin est un centre de recherche placée sous la co-tutelle administrative de l inserm du cnrs et de l université paris descartes l équipe de direction est constitué de pierre-olivier couraud qui est le directeur georges bismuth qui est lui co-directeur et responsable des plates-formes technologiques et de florence fouchy la secrétaire générale l organigramme général de l institut cochin se trouve dans l annexe p.1 l institut compte environ 620 chercheurs hospitalo-universitaires agents techniques/ingénieur technicien administratif ita doctorants stagiaires répartis en 33 équipes labellisées par trois tutelles qui sont l inserm cnrs et université de paris descartes l institut est organisé sur le campus de l hôpital cochin il y a cinq bâtiments dont les trois principaux sont méchain gustave roussy et faculté cochin/médecine et les deux autres sont hardy et port-royal tout cela représente environ 14000m2 cet institut est organisé en quatre départements scientifiques qui peuvent être constitués chacun de 6 à 10 équipes -biologie cellulaire et interaction hôtes-pathologique -endocrinologie métabolisme et cancer -immunologie et hématologie -génétique et développement les départements scientifiques ont le rôle d organiser l activité des recherches et de la formation des équipes de l institut ils prennent en charge le suivi des activités des doctorants ils organisent des séminaires et colloques débats thématiques la direction de chaque département directeurs et un ou deux co-directeurs est assurée par des responsables d équipes cooptés par leurs collègues qui siègent au conseil de direction de l institut les conseils de départements constitués des responsables des équipes et de représentants des doctorants chercheurs et agent ita statutaires et non statutaires sont un lieu d échange de débats et de propositions d ordre scientifique ou organisationnel à l adresse de la direction de l institut depuis sa construction l institut cochin a beaucoup investi dans le développement de platesformes techniques performantes et innovantes au service de ses équipes ainsi que l ensemble des équipes de l université et d équipes extérieures quelle que soit leur nature publique ou privée l institut cochin dispose aujourd hui de onze plates-formes technologiques -service général des animaleries 2

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-recombinaison homologue processus permettant à un gène étranger de se remplacer très précisément à un gène équivalent interne -morphologie/histologie -microchirurgie -imagerie du petit animal -imagerie cellulaire pour le microscope électronique et photonique -cytométrie en flux technique permettant de faire défiler des particules molécules ou cellules à grande vitesse dans le faisceau d un laser en les comptant et en les caractérisant -protéomique électrophorèse bidimensionnelle c est l analyse de l ensemble des protéines présentes dans un échantillon biologique donné dans une situation physiologique ou pathologique donnée -immunobiologie biologie sur l immunologie -génomique/transcriptomique la génomique regroupe un ensemble d analyses qui vont de l établissement de cartes de l ensemble du matériel génétique d un individu cartographie à l identification de nouveaux gènes à l étude de leurs fonctions et au séquençage c est déterminer l ordre la séquence des acides aminés d une protéine ou des bases dans les acides nucléiques adn et arn des molécules d adn histoire l institut cochin a été créé le 1er janvier 2002 comme un centre de recherche biomédicale pluridisciplinaire affilié à l université paris 5 l inserm et le cnrs placé sous la direction d axel kahn cette création à l époque était une réponse originale et un soutien important à la volonté d une douzaine de laboratoires indépendants de l inserm et du cnrs déjà regroupés depuis 1990 dans une structure de type fédératif l institut cochin de génétique moléculaire icgm dirigée par le professeur jean-paul lévy de se fondre dans la même structure administrative capable d offrir à son personnel 500 un environnement scientifique et technologique de très haut niveau jusqu en 2009 l institut cochin a constitué le coeur de l institut fédératif de recherche alfred jost au côté du laboratoire inserm directeur c boitard sur le site saint vincent de paul et de plusieurs équipes d accueil universitaires sur le campus cochin l institut cochin a été récréé pour 4 ans au 1er janvier 2010 3

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jour 1_12/12/2011 service commun service laverie et préparation des milieux et des tampons tout d abord il faut connaître l hygiène et la sécurité -le port de la blouse est obligatoire -le port des gants est obligatoire -le port des lunettes si besoin -le port de chaussures spéciales si besoin dans ce service on s occupe du ramassage et du lavage de la verrerie des vaisselles des laboratoires et on prépare des milieux et des tampons cette laverie est commune à une plateforme protéomiques ainsi qu aux départements de biologie cellulaires et maladies infectieuses qui comprennent une douzaine d équipes et donc à peu près quatre vingt dix personnes le ramassage se fait en chariot on utilise d abord les lave-vaisselles pour nettoyer en profondeur sans stériliser ensuite après avoir fermées avec des bouchons ou du papier d aluminium on fait fonctionner le poupinel qui est une sorte de four pour stériliser la verrerie uniquement cela se fait à l air sec à 150° c on peut aussi utiliser l autoclave qui peut stériliser le matériel poreux solide et liquide à 120° c pour l autoclave il y a plusieurs cycles de stérilisation lors desquels la température et la pression augmentent sur un papier qui s imprime la machine indique si le cycle est correct ou pas après cela ils rangent ce qui est stérile dans les placards des différents laboratoires ils font aussi maintenance des appareils à production d eau distillée ils gèrent également les stocks de matériel de laboratoire béchers bouteilles éprouvettes boîtes de pétri etc et enregistrent le nombre stock dans l ordinateur autoclave poupinel lave-vaisselles pour s assurer de la stérilité de quelque chose il y a un scotch qui devient noir après passage dans les machines de stérilisation pour la préparation des milieux de culture les dosages le ph les concentrations doivent être précises pour les manipulations exemples de milieux lc soc ts tripticase soja th thodd hewitt 4

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il y a aussi les tampons pour faire migrer les protéines tbs tris buffer solution et pour la culture d adn pbs phosphate buffer saline ils s occupent aussi de la préparation des antibiotiques exemple ampicilline et kanamycine pour certains milieux il faut utiliser une centrifugeuse pour récupérer de l adn à partir du kilo de bactérie et pour les grandes quantités d adn on fait une maxiprep c est avec une machine spéciale tout cela se passe sous un psm poste de sécurité microbiologique toutes ces productions servent aux autres équipes le principal fournisseur pour les produits chimiques est euromedex pour les solutions et la verrerie c est vwr et pour les appareils à eau distillée c est veolia pour ce service il ya 3 personnes le technicien en chef puis une technicienne et un adjoint technique le technicien en chef gagne 1600 le technicien 1400 et l adjoint 1300 pour ce service il faut avoir minimum le bac et passer le concours correspondant et pour être technicien il faut un bac +3 ou bac stl ces personnes doivent faire 38heures et 30 min par semaine dans ce service je n ai fais que de l observation 5

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service direction gestion des ressources humaines le service est composé de 2 personnes le secrétaire général de l institut et sa secrétaire la gestion des ressources humaines c est la gestion du personnel -les nouveaux ceux qui arrivent -ceux en cdd contrat à durée déterminée -ceux en vacation pour 2 mois la gestion dans ce service c est s occuper de mettre à jour les données personnelles des employés scientifiques et administratifs comme les changements de grade de téléphone d adresse ou de créer des données pour les nouveaux ou d en supprimer pour ceux qui partent à cause d une fin de contrat ou de thèse le logiciel utilisé pour cela est ldap ou obm open business management ou labintel réseau cnrs les dossiers du personnel sont gardés dans des archives pour avoir un poste dans ce service il faut avoir minimum un bac et passer le concours approprié ou un niveau ingénieur et ce concours on gagne 1400 et on doit faire 38heures et 30min par semaines dans ce service je n ai aussi fais que de l observation 6

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département scientifique biologie cellulaire et interactions hôtes pathogènes dans ce service on s occupe de recherche fondamentale comment ça marche comment fonctionnent les macrophages dans différents états avec ou sans bactéries avec ou sans virus les macrophages sont des monocytes globules blancs circulant dans le sang qui adhèrent aux dans les macrophages on distingue les lignées cellules tumorales se divisant spontanément comme les raw264.7 qui sont une lignée de macrophage de souris ou des cellules primaires pris dans le sang les primaires pour en avoir une quantité voulue on les met dans des bouteilles à forme spéciale pour qu ils y adhèrent puis on leur ajoute un facteur de croissance pour qu ils se multiplient et se différencient se spécialisent en macrophages pour cela ils ont mis de la phalloïdine qui est une toxine qui se fixe sur ce qu on veut pour nous les filaments d actines les bactéries et qui ont un rôle de sonde pour détecter ces choses cette toxine est un fluorochrome c est un produit qui émet de la lumière après avoir été excité par une lumière à une longueur d onde inférieure à celle de la lumière émise pour visualiser cela précisément à chaque étape il faut mettre un fixateur agent chimique qui tue les cellules en les figeant à chaque étape à 5 min sur une lame de verre à 60min sur une autre lame de verre voici le protocole ,qwurgxfwlrq 3urwrfroh &hooxohv /ljqph fhooxodluh gh pdfurskdjhv gh vrxulv 5 spulhqfh gh skdjrf wrvh /dphooh gh yhuuh sduwlfxohv 3kdjrf wrvh l[dwlrq ghv fhooxohv 7 plq 7 7 plq 7 7 plq 7 7 plq 7 0dutxdjhv srxu lppxqrioxruhvfhqfh $qwlfrusvioxrurfkurph particule 7 plq 7 3kdoorwglqh 7r[lqh ioxrurfkurph 3huppdelolvdwlrq particule &dofxo ghv lqglfhv &hooxohv il[phv ,qglfh g·dvvrfldwlrq 1rpeuh gh sduwlfxohv dvvrflphv wrwdohv sdu fhooxohv ,qglfh gh skdjrf wrvh 1rpeuh gh sduwlfxohv skdjrf wphv lqwhuqhv sdu fhooxohv 7

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tout cela se voit au microscope 0min 5min 10min 60min microscope cette équipe dans laquelle ils sont deux directeurs peut faire partenariat avec d autres équipes de l institut ou extérieurs pour ce type de poste il faut avoir un bac +3 années de licence 2 ans de master 5 =ingénieur une thèse de science de 3 ans pour un doctorat et une formation post doc supplémentaire à l étranger ou minimum un bac +bts pour ce travail de 38heures et 30 min on gagne 2800 les principaux fournisseurs sont sigma pour les produits chimique et invitrogène pour les produits de culture cellulaire dans ce service j ai observé les macrophages fixés au microscope images ci-dessus à côté du microscope 8

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jour 2_13/12/2011 département plate-forme technique protéomique plateau e2d pour ce service de recherche le but est de trouver les différences entres les protéines fournis par différentes entreprises de recherches qu on leur demande en faisant une électrophorèse bidimensionnelle pour séparer les protéines par rapport au phi/pi charge c est la 1ère dimension faite par l ipg phor et la 2ème dimension est faite pour différencier ces protéines par rapport à leur poids grâce à un gel pour plus de détails voir dans l annexe p.2;3;4 mis entre deux lames de verre l une plus épaisse que l autre tout cela est dans un cuve d électrophorèse c est une cuve électrifiée les protéines données sont dans une solution laquelle est centrifuger grâce à une centrifugeuse pour avoir seulement les protéines au fond du récipient c est le culot cette opération est souvent utiliser pour séparer de l adn ou des protéines pour des manipulations il existe des modèles plus petits on dépose les échantillons dans des puits formés par un peigne dans le gel dans cette partie de la manipulation les protéines les plus lourdes se déplacent plus lentement donc elles font moins de distances et les plus légères vont plus vite donc plus de distance les déplacements se font grâce au courant électrique dans la cuve a la fin le gel est 9

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mis dans un colorant pour que l on puisse voire la migration des protéines voir le gel dans annexe p.5 il y a trois personnes pour ce service -le responsable qui est ingénieur de recherche -2 techniciens de recherches pour avoir un de ces postes il faut avoir au moins un bac et le concours qu il faut le salaire commence à 1416 jusqu à 2200 et ces ita doivent travailler 38heures et 30 min par semaine cette équipe peut être partenaire avec d autres équipes de l institut ou extérieur les personnes pour lesquelles ces recherches ont lieu sont à l hôpital bichat l inra de clermont ferrand et d autres équipes de l institut les fournisseurs sont ge healthcare pour les gros appareils et les produits d électrophorèse et biorad pour les petits appareils pour les consommables ce qu on change pour chaque étapes des manipulations c est vwr dans ce service j ai fais une préparation d échantillon en extrayant des protéines de tissus musculaire de gallus gallus domesticus qui est de la poule et de sus scrofa domesticus qui est du porc et une deuxième dimension de la plate-forme la préparation des échantillons est détaillé dan l annexe p.6 et 7 10

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jour 3_14/12/2011 département scientifique endocrinologie métabolisme et cancer dans cette équipe on s intéresse à la perméabilité des vaisseaux humains dans un contexte tumorale durant ce stage j ai pu observer et travailler sur les interactions entre des protéines situées dans les vaisseaux ve-cadherine et ses partenaires afin de mettre en évidence des interactions physiques entre deux protéines on fait une immuno précipitation ip a l aide des billes de résine fixées à un anticorps qui reconnaît la protéine d intérêt qui est ici la ve-cadherine les personnes de cette équipe mettent en évidence les autres protéines qui pourront interagir avec la protéine a après la mise en contacte d extrait cellulaire contenant différentes protéines avec nos billes de résine fixées à un anticorps la ve-cadherine sera reconnue et se précipitera en bas avec la protéine avec laquelle elle interagit par un western blot on révèle donc cette seconde protéine qui démontre bien que les deux protéines peuvent interagir ensemble on peut donc tester tout une panoplie de différents molécules qui interagissent avec notre protéine d intérêt la vecadhérine le western blot est une technique très utilisée dans les laboratoires de biologie qui permet de mettre en évidence la présence d une protéine ici d une interaction pour cela il ya trois étapes -étape 1 on sépare les protéines grâce à une électrophorèse sur un gel de polyacrylamide matière spécifique les protéines migrent se déplace selon leur poids -étape 2 on transfère ces protéines sur une membrane de nitrocellulose support solide ayant la propriété d accrocher les protéines -étape 3 enfin on fait la mise en évidence des protéines qui ont interagis les recherches pratiquées dans ce laboratoire sont fondamentales car elles ne serviront pas directement à la création d un médicament tout de même elles sont nécessaires afin de connaître mieux différent mécanismes mis en route dans la progression d un cancer ou bien dans autre maladie chronique cette compréhension permettrait le développement possible d un médicament futur ces recherches vont être publiés dans les journaux scientifiques qui sont lus par des gens qui embauche ou demande des détailles aux chercheurs de ces résultats ces « gens » peuvent être de partout dans le monde d hôpitaux ou de laboratoires dans cette équipe il y a des personnes en post doc qui sont embauchées par des firmes spéciales pour trouver des traitements ou solutions comme arc ou circ pour le cancer et des personnes en formations en thèse pour le doctorat ces derniers ont un bac +5 et font leurs formations pour avoir un bac +8 au paravent ils ont dû passer un concours à l école doctorale pour accéder et financer être rémunérer les 3 ans de thèse les chercheurs en post doc ont un bac +8 et gagne 2000 et ceux en thèse gagne 1400 cette équipe peut travailler avec tous les hôpitaux comme l hôpital paul-brousse necker ou laboratoires du monde entier ils doivent travailler 38 heures et 30 min par semaines 11

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leurs principaux fournisseurs pour tous leurs matériaux liquide solide sont -invitrogen -fermentas -roch -sigma -cell sigmaling 12

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jour 4_15/12/2011 gestion dans le bâtiment gustave-roussy troisième étage les personnes dans ce service sont responsables des équipes qu elles gèrent qui sont dans leur étage ici on s occupe de la comptabilité client c est s occuper des commandes pour les équipes gérées par ce service pour cela ils utilisent un progiciel programme destiné à un même type d applications et conçu pour différents utilisateurs appelé saphir grâce à ce logiciel les personnes de ce service peuvent suivre leurs commandes suivie de commandes ces gens téléphonent aux fournisseurs si un produit n est pas arrivé pour savoir s il y a une rupture de stock ou s il y a un problème les factures sont envoyer à l inserm car les gens de la gestion ne sont qu ordonnateurs ceux qui font les commandes et l inserm est le payeur bien qu une part du financement pour certaines recherches vient des associations comme arc sidaction téléthon ces donations pour recherches sont données après des dossiers scientifiques et financiers envoyés aux associations évaluation des coûts des recherches et si cela vaut la peine d être financée dans ce service la personne supérieure hiérarchiquement est celle du cadre qui doit avoir une licence ou une maîtrise ou même avoir fait une grande école et avoir un concours externe pour gagner 2100 et ensuite il y a la personne d exécution qui doit avoir un cap ou un bep plus le concours qu il faut ou 5 ans d expérience pour une équivalence pour gagner 1500 comme certains services celui-là n a pas à faire plus que 38heures 30min par semaine les fournisseurs sont les mêmes car c est eux qui donnent les produits et appareils pour leurs équipes dans ce service j ai passé une commande pour une équipe via le progiciel saphir et je suis allé donner un paquet à une équipe 13

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